Die Kirchengemeinde St. Nicolai, Wittmund, gehört zum Kirchenkreis Harlingerland. Er wird geleitet von Superintendentin Eva Hadem (Esens).
Dieser wiederum bildet mit fünf weiteren Kirchenkreisen (Aurich, Emden-Leer, Emsland-Bentheim, Norden und Rhauderfehn) den Sprengel Ostfriesland-Ems. Dem Sprengel steht die Regionalbischöfin Sabine Schiermeyer vor.
Die evangelisch-lutherische Landeskirche Hannovers umfasst sechs solcher Sprengel: Hannover, Hildesheim-Göttingen, Lüneburg, Osnabrück, Stade und Ostfriesland-Ems. Das Oberhaupt der Landeskirche ist Landesbischof Ralf Meister.
